Pada awal berdirinya, sekolah ini bernama Sekolah Kesejahteraan Keluarga Tingkat Atas (SKKA) pada tahun 1969. Pada tahun pelajaran 1976 berganti nama menjadi SMKK. Pada tahun pelajaran 1997 berganti nama menjadi SMK Negeri 3 Jember hingga sekarang.

Sejak saat itu pergantian Kepala Sekolah dapat diurutkan sebagai berikut :
  • Tahun 1968 dipimpin oleh Ibu Marianah
  • Tahun 1998 dipimpin oleh Bapak Drs. Dasuki
  • Tahun 1998 dipimpin oleh Bapak Ir. Holidin
  • Tahun 1999 dipimpin oleh Ibu Wiwiek Sukendah, S.Pd.
  • Tahun 2005 dipimpin oleh Bapak Kustanto, S.Pd.
  • Tahun 2008 dipimpin oleh Bapak Drs. Furqon Adi S, MM.
  • Tahun 2010 dipimpin oleh Bapak Drs. Bambang Irianto, M.Si.
  • Tahun 2014 dipimpin oleh Bapak Suprihartono, S.Pd.
  • Tahun 2017 dipimpin oleh Bapak Agus Budiarto, S.P., M.Pd. hingga sekarang.